小规模纳税人运费的税率为3%，抵扣后是税率是11%。

1、营改增以后，运输企业年营业额在500万元以上，为增值税一般纳税人，提供运输劳务，要开具增值税专用发票，按照11%的税率计算销项税额。

2、低于500万元的为增值税小规模纳税人，对外提供运输服务，开具普通发票，按照征收率3%计算应交增值税。

扩展资料

增值税一般纳税人申报抵扣需进行电子信息采集，对于公路运输和内河运输发票必须逐票录入《增值税运输发票抵扣清单》，铁路运输、航空运输、管道运输和海洋运输发票抵扣信息可以汇总录入。纳税申报时需报送《增值税运输发票抵扣清单》纸质资料及电子信息。

未按要求报送《增值税运输发票抵扣清单》的，可退回纳税人重新报送。当月仍不报送的，其运输发票进项税额不得抵扣。如果纳税人无使用信息采集软件的条件，可以委托中介机构代为采集。中介代理机构代理一般纳税人纳税申报的，必须同时代理录入运输发票抵扣信息。

未按要求报送《增值税运输发票抵扣清单》的，可退回纳税人重新报送。当月仍不报送的，其运输发票进项税额不得抵扣。

参考资料来源：搜狗百科-运输发票