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蛋白质组学有多种分离技术，但没有好坏之分，只有适合不适合。

双向电泳是比较传统的分离技术，优点就是相对便宜，而且结果比较可靠（如果有很好的重复性的话）。缺点就是分辨率低，丰度很小的蛋白无法检测到。

现在新兴的是LC-MS/MS，就是液质联用，这个方法要优于双向电泳。因为不但能分离鉴定几乎所有的蛋白（包括双向电泳难以分离的膜蛋白或者极酸极碱的蛋白）。这是蛋白质组学的发展方向，但是也有缺点，比如设备太贵，而且使用这种设备必须是质谱方面的专家，一般人做不到。另外如果从严谨的科学技术方法分析，其还需要改进，一些重复性问题有时也需要双向电泳的验证。

但是LC-MS/MS一定是蛋白质组学研究方向。

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