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依我看，工程款是合同价款，是发包方的主要合同义务。而保修款应该是为督促施工方（承包方）在工程验收完成后对工程出现质量问题及时进行维修的一种担保。一般来说，只要工程质量验收合格，那发包方就应该依照分包合同的约定履行支付工程款的义务，否则即构成违约。至于工程验收合格后出现质量问题，理应依照合同约定进行保修阶段的处理，也就是施工方应承担保修责任，如果施工方不承担保修责任，发包方可以自行处理，并从保修款中扣除。
对于施工方来说，工程验收合格后即已经履行完施工合同所约定的义务，而保修则应属于合同履行完毕后的附随义务，所以发包方无权扣发工程款。
但是，如果工程出现的问题比较重大，给发包方造成的损失可能超过保修款的金额的，则属于施工方违约，那发包方扣除工程款是合法的。但是到底质量问题有多严重并不是发包方自己说了算的，因为建筑工程的竣工验收一般都有政府质量监督部门（质监站）参加验收，并最终形成验收意见的，也就是说，除非发包方能够提供足够的证据推翻质监站的验收意见。
总得来说，建筑工程合同纠纷比较复杂的，它涉及到工程量的鉴定、工程质量的鉴定等等，一旦双方对这些方面产生分歧，不能协商解决的，只有走诉讼的途径了，当然这要看双方争议的款项有多少了
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