“河长制”由江苏省无锡市首创。它是在太湖蓝藻暴发后，无锡市委、市政府自加压力的举措，所针对的是无锡市水污染严重、河道长时间没有清淤整治、企业违法排污、农业面源污染严重等现象。

2007年8月23日，无锡市委办公室和无锡市人民政府办公室印发了《无锡市河（湖、库、荡、氿）断面水质控制目标及考核办法（试行）》。在下达的这份文件中明确指出：将河流断面水质的检测结果“纳入各市（县）、区党政主要负责人政绩考核内容”，“各市（县）、区不按期报告或拒报、谎报水质检测结果的，按照有关规定追究责任。”这份文件的出台，被认为是无锡推行“河长制”的起源。自此，无锡市党政主要负责人分别担任了64条河流的“河长”，真正把各项治污措施落实到位。

2008年，江苏省政府决定在太湖流域借鉴和推广无锡首创的“河长制”。之后，江苏全省15条主要入湖河流已全面实行“双河长制”。每条河由省、市两级领导共同担任“河长”，“双河长”分工合作，协调解决太湖和河道治理的重任，一些地方还设立了市、县、镇、村的四级“河长”管理体系，这些自上而下、大大小小的“河长”实现了对区域内河流的“无缝覆盖”，强化了对入湖河道水质达标的责任。淮河流域、滇池流域的一些省市也纷纷设立“河长”，由这些地方的各级党政主要负责人分别承包一条河，担任“河长”，负责督办截污治污。