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按正常的检疫程序，运输动物应于离开产地前在输出地申报检疫，持证到达输入地后无需申报检疫，可继续饲养或者屠宰。 只有以下几种情况需要在到达输入地后向动物卫生监督机构报告或申报检疫：

1、跨省引进用于饲养的非种用、乳用动物，到达输入地后，货主应于24小时内向所在地县级动物卫生监督机构报告，并接受监督检查。若不报告，处500元以上2000元以下罚款。

2、跨省引进乳用、种用动物，到达输入地后，应在当地动物卫生监督机构的监督下，在隔离场或者饲养场内的隔离圈舍隔离观察，大中动物45天，小型动物30天。不进行隔离观察的，处2000元以上1万元以下罚款。

3、向无规定动物疫病区运输相关易感动物，除附有输出地动物卫生监督机构出具的检疫证明外，还应在启运前3天向输入地省级动物卫生监督机构申报检疫，并到输入地省级动物卫生监督机构指定的隔离场所隔离检疫，大中动物45天，小型动物30天，隔离检疫合格的，由输入地省级动物卫生监督机构出具检疫证明。未经省级检疫直接运输至输入地的，按照动物防疫法第77条第（三）项的规定，处1千元以上1万元以下罚款，情节严重的处1万元以上10万元以下罚款。 根据你的描述，可能还有一种情况，就是货主在运输过程中根本没有检疫证明。这样的话就应当按照第78条第一款处罚，处货值金额10%-50%罚款，对货主以外的承运人处运输费用1到3倍罚款。对动物实施补检。

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