在现实与虚幻的场景反复交换中，分两条平行的线索展开故事。 第一条线索，写家住东京中野区的15岁少年田村卡夫卡，4岁时母亲离家出走，父亲预言他将杀父、与母亲发生性关系。为逃避这个诅咒，他只身出走来到四国的甲村图书馆，馆长佐伯是个50岁的高雅的女士，管理员大岛是个优雅博学的“男士”（其实生理上是女性，实际又是无性人）。佐伯有个从小一起长大的男友，在她20岁时死了，那以后她的心也死了，在外面漂流多年，调查遭雷击的人，最后回到老家，主管这个私家图书馆（原来是她男友的家）。少年想到父亲曾遭雷击，怀疑佐伯是自己的母亲。 第二条线索，写弱智老人中田住在东京中野区，因能与猫讲话，被一个自称“琼尼·沃克”的人叫去，此人说他要收集猫的灵魂做一支宇宙般大的笛子，并当着中田的面肢解猫，受到刺激的中田杀死“琼尼·沃克”逃亡……