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转基因作物环境安全性评价原则主要有：

(1)科学原则就是以科学的态度和方法，利用国际通行的科学技术手段研究、分析和评价转基因作物对生态环境可能造成的潜在风险，确定其安全等级和安全监控措施。

(2)比较分析原则即通过比较转基因作物与非转基因对照作物（一般用其亲本）对生态环境影响的异同，确定转基因作物的安全性。

(3)个案分析原则就是针对不同的转基因活动，根据外源基因特性、受体植物、转基因操作方式及释放环境等因素，对具体的转基因作物进行环境安全性评价。

其他还包括预防原则、熟悉原则、分阶段评价原则等。

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