（一）全面性原则：一是全过程控制。二是全员控制。

（二）重要性原则： 1.关键控制点：即业务处理过程中容易出现漏洞且一旦存在差错会给行政事业单位带来巨大损失的高风险领域。 2.关键岗位：有关人员容易实施舞弊的职务。

（三）制衡性原则إ 1.行政事业单位治理结构的制衡：

（1）理事会：类似公司董事会，依法行使行政事业单位的业务或财务决策权，是最高权力决策机构，成员由政府部门代表、社会人士、行政执行人等多方组成，由事业单位举办主体任免；

（2）各种委员会（如财务委员会、投资委员会、审计委员会）：审计委员会的责任是监督行政事业单位的财务运行；

（3）管理层：负责组织实施理事会决议事项，主持行政事业单位的日常业务运行工作

（4）职工大会管理层。

例如，在2007年深圳拟定事业单位改革方案文件中，提出在事业单位中普遍建立法人治理结构，理事会、管理层、职工大会相互独立、相互制衡。 2.机构设置及权责分配的制衡：不相容职务相互分离，对权力的适当制衡 3.业务流程的制衡

（四）适应性原则：应当与单位规模、业务范围、竞争状况和风险水平相适应，并随着情况的变化及时加以调整。

内部控制的建立和修订应该具有前瞻性。

（五）成本效益原则