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企业出口货物免抵退税申报流程第一步 按出口合同开具出口发票。货物报关离境前，应按出口合同中出口商品名称、数量、成交方式、成交价格、离岸价格等要素，开具出口发票。第二步 免抵退出口业务记账。按开具的出口发票，在货物报关离境的当月确认免抵退出口销售收入（以离岸价格确认收入）。 借：应收账款（银行存款） 贷：主营业务收入-出口销售收入（免抵退出口销售额）第三步 确认出口报关单信息。
在口岸电子执法系统-出口退税子系统中，对出口报关单电子数据进行核对无误后（或查询报送或选择报送），将认可的出口报关单数据提交至税务机关。 第四步 收汇核销。实行网上核销的企业，出口货物收汇后，在出口收汇核销系统中进行收汇核销处理；未实行网上核销的企业，出口货物收汇后，到外汇管理局进行人工收汇核销。第五步* 免税进口料件记账。
对当期进料加工业务免税进口的料件，按进口货物报关单登记存货帐簿。 借：材料-保税进口料件 贷：应付账款（预付账款、银行存款），进料退运业务以负数记账。第六步* 进料加工手册登记。从事进料加工业务的企业，在海关核发进料加工业务登记手册的当月，在出口退税申报系统中对该手册进行登记录入。选择“基础数据采集-进料加工手册登记录入”，逐项录入加工手册内容。
第七步 出口货物明细数据录入。选择“基础数据采集-出口货物明细申报录入”，将当月的免抵退出口货物数据按出口报关单或出口发票进行逐条录入，单证不齐的在“单证不齐标识”栏打上标识，无出口报关单录入B，无收汇核销单录入H（限未实行网上核销的企业录入），无代理出口证明录入D（限委托出口的货物录入）。 第八步 前期已申报单证不齐的业务作收齐处理。
前期申报的单证不齐的出口业务，在收齐单证的当期，在出口退税申报系统中作单证收齐处理。选择“基础数据采集-收齐出口单证明细录入”，在索引窗口选中应收齐单证的该条记录，点击工具栏的“批量接单”，在显示的界面中“确定”即可。 如原申报录入的出口报关单号码有误，可在作收齐单证处理后，选择工具栏的“修改”，对出口报关单号码进行修改。
第九步 前期申报错误的出口业务冲减处理。作单证收齐处理后，对于原申报数据有误的，应对该条申报数据作冲减处理。选择“基础数据采集-生成出口货物冲减明细”，在索引窗口选中应冲减的该条记录，点击工具栏的“冲减出口”，在显示的界面中“确定”即可。 第十步 作冲减处理的业务重新申报。对当期作冲减处理又需要申报免抵退税的业务，在完成冲减处理后，再录入正确的申报数据（其中“所属期标识”须与出口报关单出口日期的年份一致）。
申报录入操作方法同第七步。第十一步* 免税进口料件数据录入。 在出口退税申报系统中录入当月进料加工业务的进口料件明细数据（包括进料退运）。选择“基础数据采集-进口料件明细申报录入”，按进口报关单逐条录入免税进口料件数据，已申报退免税的进口料件退运的，数量以负数录入。第十二步* 进料加工手册核销。 对海关已作核销结案的进料加工业务手册，在该手册项下的进料、出口业务申报退税完毕的下一个申报期，通过退税申报系统对进料加工登记手册进行核销。
选择“基础数据采集-进料加工手册核销录入”，根据海关结案通知书、代征进口关税或代征增值税缴款书的有关数据进行录入。 第十三步 生成明细申报数据盘，到税务机关进行预审。选择“免抵退税申报-生成明细申报数据”，按提示将录入的明细申报数据存储到软磁盘上，然后持该磁盘到税务机关进行预审（主要审核申报的出口数据有无外部电子信息、申报的出口数据与外部电子信息是否一致）。
第十四步 查询预审反馈疑点。将预审后的磁盘插入软驱，选择“反馈信息处理-税务机关反馈信息读入”，把预审反馈疑点信息读入到出口退税申报系统。然后选择“反馈信息处理-税务机关反馈信息查询-预审疑点反馈情况查询”，逐条查看申报的疑点问题。 第十五步 修改、调整申报录入的出口明细数据。对主观原因造成的疑点问题（数据录入错误），应逐条进行修改。
首先撤销明细申报数据：选择“申报数据处理-撤销已申报数据”。然后修改录入有误的数据：选择“基础数据采集-出口货物明细申报录入”，在“索引窗口”点中应修改的纪录，点击工具栏的“修改”钮，对错误的数据项进行修改。 第十六步 再次预审。对主观错误修改完毕后，再次生成明细申报数据盘，到税务机关进行预审，直到无疑点（不包括无信息的疑点）为止。
（参照第十一步操作）第十七步 预审信息反馈处理。将预审后的磁盘插入软驱，选择“反馈信息处理-税务机关反馈信息读入”，把预审反馈疑点信息读入到出口退税申报系统。 然后选择“反馈信息处理-税务机关反馈信息处理”。第十八步 生成正式明细申报数据盘。选择“免抵退税申报-生成明细申报数据”，将软磁盘插入驱动器，按提示操作即可。
第十九步 打印《免抵退出口货物申报明细表》。 选择“免抵退税申报-打印申报报表”，点中《出口货物免抵退税申报明细表（当期出口明细）》，打印一式二份。第二十步* 模拟出具免税证明...
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