禁止近亲结婚的目的是为了优生，为了预防先天性病残儿的出生。人体内的遗传基因，来自父母双方，父母的遗传基因一代一代向下垂直传递，如果父母一方或双方带有某种致病的遗传基因，同样可以代代相传。有的遗传病只有当父母都有共同的致病菌基因并且相会时，后代才有所表现，即发病。在一般的婚配关系中，这种相会纯属偶然，机会很少，而在近亲结婚中这种机会则明显增加，因为他们来自同一祖先，共同的基因比较多。

可以说，近亲结婚是某些遗传病发生和延续的“土壤”，如一种叫肝豆核变性的遗传病，一般夫妻的后代患病率仅为四百万分之一，而在表兄妹结婚的后代中，竟高达1/64。 在近亲结婚的后代中，各种先天性残疾的发生率也明显增加。据调查，患先天性遗传病的人，其父母为近亲结婚的比率占 37. 5%。近亲婚配所生婴儿的先天性残疾患病率为41.6%。

近亲结婚不仅常染色体隐性遗传病的发病率高，多基因遗传病的发病率也高，如精神分裂症、先天性心脏病、神经管畸形等。多基因遗传病在近亲结婚中的发病率约为9.9%，而在非近亲结婚中只有0.9%左右。近亲结婚所生子女中，体弱儿、弱智儿的发病率及新生儿、乳幼儿的死亡率均比非近亲结婚者高1—2倍。一些遗传病在近亲结婚和非近亲结婚中的比例是：先天性鱼鳞症为62.7:1，少年黑朦性痴呆为36.6:1，先天性全色盲为18.4:1。

由此可见，近亲结婚的危害是非常严重的。我国自古以来就有“男女同姓，其生不蕃”之说。预防先天性残疾，就应杜绝近亲结婚。