（一）会计制度中存在的问题

1、执行单一会计制度不适应某些单位的实际情况。财政部门要求行政事业单位将预算内外资金纳入一套账进行会计核算，执行一种单一的会计制度：行政单位会计制度或是事业单位会计制度。然而一些单位既有行政经费，又有事业经费，单位执行单一的会计制度并不是十分合适。

2、行政单位会计制度规定的会计科目不能准确反映日益复杂的经济业务。

由于省地级行业主管部门与县市级行业主管部门往来增多，如行政单位行政事业性收费也按比例上缴，上级单位也有可能对下级行政单位进行经费补助，而目前的行政单位会计制度没有缴上级支出以及上级补助收入这样的科目来反映这两类款项往来，造成行政事业单位发生上述业务时，运用会计科目混乱，不能正确反映其资金动向。

（二）执行会计制度中存在的一些问题

1、暂存款科目成了人为调节收支的大水库。

行政单位的暂存款（事业单位为其他应付款）是行政单位在业务活动中与其他单位、所属单位或本单位职工发生的待结算款项，许多单位经常有意无意地将暂存款科目当作一个大水库。

2、违背收付实现制原则。有些行政事业单位在收到支出结算票据而款项未支付时就更作支出并以应付款挂账，或者开出收入票。

3、财政专户资金管理与核算很不规范。

一是未正确理解预算外资金属于财政性资金的概念；二是核算科目不规范，有的设置了诸如“应缴收入”等会计制度没有的会计科目，更多的是混淆资金性质，错用会计科目，有的单位甚至直接将收入抵作支出，逃避预算外资金管理。

4、会计核算方法横向之间不可比。由于各单位会计对会计制度理解上的不同以及为了人为控制支出，造成各单位对同样性质的款项会计核算方法不尽一致。

主要表现在：

（1）专项资金实际上有些单位列入暂存款核算；

（2）住房基金、住房维修基金，行政单位单位一般将其列入暂存款核算；

（3）某些收入类款项，未作收入入帐，将其列入暂存款核算；

（4）支出列支科目随意性大。

5、费用列支标准横向之间不可比。为规范各行政事业单位的财务支出行为，政府和财政部门制定了费用开支标准。

供行政事业单位据以执行。