神奇宝贝病毒（日文︰ポケルス，英文︰Pokérus）是一种特别的状态，第二世代引入。

神奇宝贝病毒有3⁄65536的机会出现在一只野生神奇宝贝或神奇宝贝蛋孵化的神奇宝贝身上。无论是击倒或收服这只野生神奇宝贝，主角的队伍里都会得到神奇宝贝病毒。因为它的几率非常低（大约是遇见不同颜色几率的1⁄3），并且有许多玩家遇见野生的携带病毒的神奇宝贝时因为无法得知它携带了病毒而选择了逃跑，要获得病毒是一件非常难的事情。

感染

感染了神奇宝贝病毒的神奇宝贝在状态栏中查看时，异常状态的部分会有“神奇宝贝病毒”的标志（在第三世代或第四世代的图标不同，第五世代的图标则和第四世代不同，第二世代没有图标）。如果有其它的异常状态被加在这只神奇宝贝身上，神奇宝贝病毒的标志就会被覆盖掉。如果神奇宝贝携带了病毒，它就可以把病毒传播给队伍中的其它神奇宝贝。在一场对战结束后，队伍里与携带了病毒的神奇宝贝前后相邻的神奇宝贝有1⁄3的几率[待确认]被感染上病毒。从第三世代开始，神奇宝贝蛋也可以被感染病毒。